Usa un editor más moderno. Visual Studio Code es la onda en cuanto a editores gratis. Ve el siguiente post: Visual Studio Code y mis extensiones esenciales
Para ejecutar aplicaciones de consola con yii la sintaxis es la siguiente:
yiic--option1=value1 --option2=value2
Nosotros estamos trabajando con un boilerplate llamado YiiBoilerplate
que básicamente es separar el lado publico (frontend) y el lado del administrador (backend). Ademas el boilerplate tiene diferentes archivos de configuración según en ambiente (enviroment) en el que estas trabajando.